La tassazione dei terreni agricoli rappresenta da sempre una delle problematiche principali del settore. L'entità delle imposte ordinarie, che si attesta intorno al 18% sul prezzo del terreno, costituisce infatti un fattore piuttosto scoraggiante rispetto all'acquisto di un fondo da parte dell'agricoltore, o aspirante tale.

Esistono, tuttavia, agevolazioni, come la piccola proprietà contadina o le disposizioni rivolte ai giovani agricoltori, che consentono di usufruire di alcuni sconti sulle imposte. La prima, ad esempio, consente di pagare solo l'imposta catastale dell'1% sul prezzo della compravendita a tutti i coltivatori diretti e agli imprenditori agricoli professionali regolarmente iscritti nella relativa gestione previdenziale ed assistenziale.

La nuova Legge di Stabilità 2014, tuttavia, mentre da un lato ha confermato la possibilità di continuare a usufruire della piccola proprietà contadina, d'altro canto ha abolito buona parte di queste agevolazioni, fra cui quella relativa ai terreni montani e il compendio unico.

Qualora non si rientri nell'ambito dell'agevolazione ppc, le imposte ordinarie previste per l'acquisto di un terreno agricolo sono pari al 15%, nel caso delle imposte di registro, 2%, per le imposte ipotecarie, e un 1% di imposta catastale.
Le tasse in questione si applicano naturalmente sul prezzo concordato tra le parti per la compravendita.

L’amministrazione finanziaria può tuttavia effettuare una verifica sulla congruità del valore dichiarato rispetto al valore di mercato ed eventualmente accertare un maggior valore su cui applicare l'imposta. Oggi non è più previsto alcun limite a questo genere di controllo che, fino al 2006, prevedeva una sorta di “valutazione automatica”, ovvero l’accertamento di un maggior valore del terreno agricolo qualora il prezzo dichiarato fosse superiore al valore che si otteneva moltiplicando la rendita catastale per i coefficienti stabiliti dalla legge.